典型的反相键合相色谱仪是选用非极性键合相和极性活动相组成的色谱系统，固定相常用十八烷基(ODS或C18)键合相，活动相常用甲醇-水或乙腈-水。

　　非典型反相键合相色谱仪是选用弱极性或中等极性键合相和极性大于固定相的活动相组成的色谱系统。反相键合相外表具有非极性烷基官能团和未被替代的硅醇基，硅醇基具有吸附功能，剩下硅醇基的多寡视覆盖率而定。现在，反相键合相色谱仪的别离机制还没有共同的观念，大致有两种观念：一种以为归于分配色谱，另一种以为归于吸附色谱。

　　一、分配色谱的别离机制：分配色谱的别离机制是假定混合溶剂(水+有机溶剂)中极性弱的有机溶剂吸附于非极性烷基合作基外表，组分分子在活动相中与被非极性烷基合作基所吸附的液相中进行分配。

　　二、吸附色谱的别离机制：吸附色谱的别离机制可用疏溶剂理论解说。疏溶剂理论把非极性烷基键合相看作是在硅胶外表上覆盖了一层键合的十八烷基的分子毛，分子毛具有强疏水特性。当用水和有机溶剂组成的极性溶剂为活动相别离有机化合物时，

　　一方面，非极性组分分子或组分分子的非极性部分，因为疏溶剂效果将会从水中被“挤”出来，与固定相上的疏水烷基发生缔合效果，使组分分子在固定相上得到保存。另一方面，被别离物的极性部分遭到极性活动相的效果而脱离固定相，保存值减小，此即解缔进程。

　　这两种效果力之差决议了组分分子在色谱中的保存行为。一般来说，固定相上的烷基合作基或组分分子中非极性部分的外表积越大或活动相外表张力和介电常数越大，缔合效果越强，分配比k越大，保存值越大。在反相键合相色谱中，极性大的组分先流出，极性小的组分后流出。

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